9월에 퇴사한 직원의 연말정산을 11월에 뒤늦게 처리하는 개인사업자 상황입니다. 지급명세서는 이미 제출했고, 9월 원천세 신고서를 어떻게 고칠지가 궁금하신 것으로 보입니다.
결론부터 말하면 진행 순서는 맞습니다. 지급명세서를 먼저 제출하고, 그다음 9월 귀속·9월 지급 원천세 신고서를 수정신고하시면 됩니다.
다만 A02에 "9월 급여"만 넣는 방식은 맞지 않습니다. 입력 기준은 아래에서 설명드립니다.
중도퇴사자 연말정산 수정신고 방법, 지금 순서가 맞을까?
지급명세서를 먼저 내고 원천세를 수정신고하는 순서가 맞다
국세상담센터 안내는 중도퇴사자의 근로소득 지급명세서를 먼저 작성한 뒤 원천세 신고서의 중도퇴사(A02) 항목에 반영하는 방식입니다. 정기신고 기한이 지난 경우에는 수정신고를 해야 합니다.
지급명세서 제출은 시기 때문에 막히지 않습니다. 2023년 8월 25일부터 중도퇴사자의 지급명세서는 홈택스에서 상시 제출할 수 있습니다.
A02 중도퇴사자란에는 무엇을 입력할까?
인원 1명, 1~9월 총지급액, 차감징수세액을 입력한다
국세청 안내 예시(8월 퇴사)는 총지급금액에 1월부터 퇴사월까지 지급한 급여 합계를, 소득세 항목에 지급명세서의 차감징수세액을 넣도록 합니다. 이 사례에 적용하면 1월~9월 총지급액을 넣는 셈입니다.
소득세 칸에는 9월 소득세가 아니라 지급명세서에 나온 추가징수 차감징수세액을 입력합니다. 인원은 질문하신 대로 1명입니다.
기존 신고서의 A01 내용과 겹치지 않는지 확인한다
9월 신고 때 퇴사자 급여를 간이세액(A01)에 넣으셨다면 같은 사람이 두 곳에 중복 반영되는지 살펴보셔야 합니다. 국세청 상담사례는 A01에는 총지급액이 반영됐고 A02에 정산 지급액과 세액이 빠진 경우 해당 귀속월에 수정신고서를 제출하라고 안내합니다.
A01과 A02를 어떻게 나눠 적을지 헷갈리면 신고 전에 국세상담센터에 확인하시는 편이 안전합니다.
추가징수 세액은 언제까지 누가 납부할까?
추가징수세액은 사업주가 납부하고 늦으면 가산세가 붙는다
9월 급여는 9월에 지급했으므로 정기 신고·납부 기한은 10월 10일이었습니다. 소득 지급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 신고해야 하기 때문입니다.
국세청은 연말정산에서 근로자가 과다공제를 받은 경우에도 원천징수의무자가 납부지연가산세를 납부해야 한다고 안내합니다. 그래서 가능한 한 빨리 납부하시는 것이 가산세를 줄이는 방법입니다.
지방소득세는 별도로 확인한다
지방소득세 특별징수분은 국세와 따로 신고·납부합니다. 국세 수정신고 후 지방소득세도 정정할 부분이 있는지 관할 시·군·구청 세무과에 확인하세요.
퇴사한 직원에게는 무엇을 안내해야 할까?
홈택스에서 원천징수영수증을 직접 볼 수 있다
회사가 지급명세서를 제출하면 근로자는 홈택스 My홈택스의 지급명세서 등 제출내역에서 원천징수영수증을 조회·출력할 수 있습니다. 퇴사자에게는 이 경로만 알려주시면 됩니다.
퇴사 후 계속 구직 중이면 연말정산을 따로 하지 않고 5월 종합소득세 신고를 하면 되며, 결정세액이 0이 아니면 신고 대상입니다. 이번 건은 추가징수가 나왔으므로 퇴사자도 내년 5월 신고 여부를 확인해야 합니다.
지급명세서 제출 기한은 넘기지 않았을까?
지급명세서의 최종 제출 기한은 내년 3월 10일이다
지급명세서는 소득 지급일이 속하는 과세기간의 다음 해 2월 1일부터 3월 10일까지 최종 제출된 자료만 유효하게 인정됩니다. 이번 건은 2027년 3월 10일이 법정 기한입니다.
기한 내에 제출하지 않으면 미제출 지급금액의 1%, 기한 후 3개월 이내 제출 시 0.5%의 지급명세서제출불성실가산세가 부과됩니다. 이미 제출하셨으므로, 금액을 바꿔 다시 계산했다면 재제출만 하시면 됩니다.
신청 절차 한눈에
- 사업주 → 홈택스 지급명세서 제출 메뉴 → 퇴사자 근로소득 지급명세서 작성·제출 → 최종 기한 2027년 3월 10일 전(내용이 바뀌면 재제출)
- 사업주 → 홈택스 [신고/납부 > 원천세 > 수정신고작성] → 잘못 신고한 신고서의 귀속월·지급월을 선택하고 사업자번호 확인 후 불러오기 → 9월 귀속·9월 지급분 선택 → 지금 바로
- 사업주 → 같은 신고서 A02 → 인원 1명, 1~9월 총지급액, 지급명세서의 차감징수세액 입력 → 수정신고 제출 시
- 사업주 → 홈택스 또는 금융기관 → 추가징수세액(필요 시 가산세 포함) 납부 → 신고 후 바로
- 사업주 → 위택스·관할 지자체 세무과 → 지방소득세 특별징수분 확인 → 국세 수정신고 후
- 퇴사자 → 홈택스 My홈택스 → 원천징수영수증 조회, 5월 종합소득세 신고 필요 여부 확인 → 내년 5월 신고 기간 전
서류는 구분해서 준비하세요. 사업주는 1~9월 급여대장·급여명세서와 퇴사자 인적사항을 준비하고, 퇴사자는 추가 공제 증빙이 있으면 사업주에게 제출합니다.
수정신고 접수 후 처리 기간은 확인된 공식 안내가 없습니다. 문의는 국세상담센터 국번 없이 126, 평일 오전 9시~오후 6시로 하시면 됩니다.
주의사항
- A02 총지급액은 9월 한 달 급여가 아니라 1월부터 퇴사월까지의 합계로 입력하세요.
- 9월 신고서에 퇴사자 급여가 이미 들어가 있으면 A01과 A02에 중복되지 않는지 확인하세요.
- 납부가 늦어질수록 납부지연가산세가 커질 수 있으니 수정신고와 납부를 함께 진행하세요.
- 퇴사 후 다른 회사에 취업했다면 그 회사에서 합산 정산해야 하므로, 이 방식이 맞는지 먼저 확인하세요.
결론: 중도퇴사자 연말정산 수정신고는 지급명세서 후 바로 진행하세요
중도퇴사자 연말정산 수정신고는 지급명세서 제출, A02 수정, 추가징수세액 납부 순서로 마무리하면 됩니다. 오늘 바로 홈택스에서 9월 귀속분 수정신고서를 열어 A02 금액부터 확인하세요.
공식 참고 링크
자주 묻는 질문
Q. 수정신고 대신 다음 달 정기 신고에 합쳐서 내도 되나요?
A. 안 됩니다.
국세청 상담사례는 해당 월의 수정신고서와 정기분 신고서를 모두 제출해야 한다고 안내합니다.
Q. 퇴사자가 퇴사 후 바로 다른 회사에 취업했다면 어떻게 하나요?
A. 퇴사 후 이직했다면 연말정산은 현재 직장에서 진행합니다.
이 경우 전 직장은 근로소득원천징수영수증을 발급해 주면 됩니다.
Q. 수정신고하면 퇴사한 직원도 가산세를 내나요?
A. 원천징수의무자가 수정신고하는 경우 해당 근로자에게는 일반과소신고가산세가 부과되지 않습니다.
납부지연가산세는 사업주 몫입니다.